1 декабря 2016 года с космодрома БАЙКОНУР был осуществлен пуск РН «Союз-У» с транспортным грузовым кораблем (ТГК) «Прогресс МС-04». До 382 секунды полет ракеты-носителя проходил штатно. После 382 секунды полета прием телеметрической информации прекратился. Штатные средства контроля не зафиксировали функционирование корабля на расчетной орбите.

По предварительной информации, в результате нештатной ситуации потеря ТГК произошла на высоте около 190 км над труднодоступной безлюдной гористой территорией республики Тыва, и большинство фрагментов сгорели в плотных слоях атмосферы. Государственная комиссия проводит анализ сложившейся нештатной ситуации. Потеря грузового корабля не скажется на нормальном функционировании систем МКС и жизнедеятельности экипажа станции.